种蛋孵化前进行消毒处理，能消除蛋壳上的病原微生物，即使是刚从鸡体生出来的蛋，也可能有细菌，这些细菌在壳上很容易繁殖,为了改善孵化效果，提高苗禽成活率。现在介绍几种常用的简易消毒方法：
1. 高锰酸钾消毒 先将高锰酸钾配成0.05%的水溶液，然后将选好的种蛋放入浸注1分钟左右，取出晾干后即可入孵。

　2.漂白粉消毒　将种蛋放入含氯1.5%的漂白粉溶液中浸泡3分钟，取出晾干即可。此法必须在通风处进行。

　3.碘溶液消毒　将种蛋浸入0.1%的碘溶液中泡30秒～60秒，即可消除蛋壳上的白痢杆菌。

　4.新洁尔灭消毒　用0.1%的新洁尔灭溶液喷洒种蛋表面，待药液干后便可入孵。

5.福尔马林(甲醛溶液)消毒法 用甲醛溶液与高锰酸钾混合熏蒸消毒种蛋和孵化机。这种熏蒸消毒法，可以同时消毒种蛋和电孵机，方法较简单。